进行万方毕业论文查重后，首先需要仔细阅读查重报告，了解重复率较高的部分。接下来，可以对重复率较高的部分进行修改，可以更改句子结构、词语替换、增加论据等方式进行修改。此外，还可以通过增加自己的研究成果和见解，进行深度修改，提高整体质量。

万方毕业论文查重后修改需要注意保持原文意思的前提下进行修改，避免出现抄袭。可以借助一些论文修改软件进行辅助，如修改重复率较高的句子，增加论据支持，调整段落结构等。同时，也可以寻求老师或专业人士的建议，进行有针对性的修改，提高论文质量。